青贮的主要环节是乳酸菌的繁殖，在合适的温度和湿度环境下，通过乳酸菌大量繁殖，将饲料中的淀粉和可溶性糖变成乳酸。当乳酸积累到一定农度时，便抑制霉菌等细菌的生长，这样饲料中的养分就不会腐败变质，乳酸菌持续活动的结果使乳酸浓度不断提高，青贮饲料中PH值持续降低以到所有微生的繁殖和活动都受到抑制从而使饲料得以长时间的保存。青贮的过程是不同微生物活动的结果，青贮质量的好坏取决于对有益微生物和有害微生物活动的调节和控制。
按时间划分，在青贮过程中不同微生物的活动表现为以下阶段：
第一阶段：
植物呼吸期也是好氧菌活跃期。青绿饲草收割后，植物的细胞活动并没有停止，呼吸作用持续，在青贮窖中，植物的呼吸作用一方面消耗营份，另一方面也消耗残存的氧气产生热量使温度升高。此时，饲料本身带的微生物由于饲料被切断、植物液汁流出而加速活动，主要是一些好氧菌活动，主要包括：腐败菌繁殖活动分解蛋白质和氨基酸、丁酸菌分解糖、有机酸和蛋白质使饲料变臭变质；酵母菌繁殖活动分解糖份产生乙醇使饲料产生芬香味；霉菌繁殖和活动分解纤维物质、糖和乳酸并产生酸败味。总体上说，青贮的第一阶段是一个好氧菌活动的时期，也是一个消耗过程，所以在青贮过程中应尽量缩短这个阶段，这个阶段的有利变化是消耗了氧气形成厌氧菌活动的环境并且使青贮饲料酸化从而使乳酸菌开始活动。
第二阶段：
乳酸菌发酵和乳酸积累阶段。由于植物的呼吸和好氧菌活动，使青贮窖中的氧气被消耗从而在造成了厌氧菌生长的环境，好氧的酵母菌、霉菌和丁酸菌等好氧菌活动受到抑制，同时植物呼吸产生的热量使温度升高，此时厌氧的乳酸菌迅速繁殖，形成大量乳酸。由于乳酸不断积累，环境中酸度增大，pH值下降，使腐败菌、酪酸菌等不耐酸的微生物活动受抑停止，甚至绝迹。这个阶段是青贮过程中最重要的有益变化形的阶段。在这个阶段中，有益菌为乳酸菌，能与乳酸菌竞争的有害菌主要是丁酸菌，如果青贮饲料中糖份含量不足，乳酸形成不足，丁酸菌活动占优势，会导致青贮失败。快速形成较强的酸性环境可以抑制丁酸菌的繁殖。
第三阶段：
成熟保存期。随着乳酸化过程的进一步加强，乳酸含量继续增加，PH值持续降低，当乳酸含量达达1.5-2%，PH值达到达4-4.2时，乳酸菌的活动也得到限制，乳酸球菌停止活动， pH 继续下降后，最为耐酸的乳酸杆菌也停止活动，乳酸发酵即基本结束，青贮饲料进入稳定保存的阶段。
